
Chaque année, une sélection de six romans est soumise à la lecture des jeunes qui sont invités à donner leur avis sur chaque ouvrage, permettant ainsi au final de désigner l'auteur lauréat du prix J'ai lu, j'élis.
Chaque édition du Prix est menée sur une année scolaire. La sélection des ouvrages est toutefois établie dès l'année scolaire précédente (mai-juin).
Six romans de qualité littéraire sont proposés à la lecture, chacun abordant un thème différent, écrits par des auteurs francophones, résidant en France (cela facilitant leur rencontre avec les jeunes) et publiés depuis moins de dix-huit mois. La sélection est réalisée par les bibliothécaires jeunesse de la bibliothèque municipale d'Angers, les documentalistes des établissements scolaires participant et des libraires de La Luciole, partenaire angevin de ce Prix. Dès que cette liste est établie, chaque établissement scolaire ou bibliothèque procède au cours de l'été à l'acquisition des ouvrages et à leur équipement.
D'octobre à décembre, la sélection est présentée par les différents professionnels aux élèves sous des formes diverses (lectures...) ; les exemplaires des six titres sont mis à leur disposition dans les CDI ou les bibliothèques.
Chaque livre contient un bulletin réponse par lequel le jeune est invité à donner son avis en quelques lignes et à attribuer une appréciation. Cette méthode a l'inconvénient d'être un peu scolaire mais elle permet de renverser les rôles et de développer l'argumentation des jeunes. Sans obligation de lire tous les livres de la sélection, même si le livre est abandonné en cours de lecture, le lecteur remplit un bulletin. Ainsi chacun fait bien connaître et partager son avis ; il devient acteur du Prix et participe en définitive à l'attribution du Prix à l'auteur.
De janvier à mars, les rencontres avec les auteurs sont organisées à Angers, à la fois dans les CDI des établissements scolaires et dans les bibliothèques. D'autres formes d'animation peuvent s'y ajouter.
À la clôture des votes (fin mars), date décidée et communiquée au démarrage de l'édition en cours,
les bulletins sont dépouillés par établissement scolaire et par bibliothèque ; puis le regroupement des résultats et la synthèse sont assurés par le réseau jeunesse de la bibliothèque municipale.
Fin avril, la venue de l'auteur lauréat pour sa remise officielle du Prix est organisée dans une structure de quartier ; elle permet une nouvelle rencontre avec les jeunes lecteurs (300 présents en moyenne) et comprend aussi un temps convivial par un goûter partagé entre tous les présents.
À l'issue de l'édition, chaque CDI partenaire reçoit un lot des titres de la sélection dont il dispose lui semblera au sein de l'établissement.