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protéines et enzymes : scripts automatiques pour RasTop 2.0.3-VF

mis à jour le 17/03/2005


carboxypeptidase

La composition et la structure des proteines et des enzymes sont découvertes avec des scripts pour RasTop 2.0.3-VF

mots clés : protéines, molécules, RasTop, acides aminés, enzyme, tice


Scripts automatiques pour RasTop 2.03V-F

    Le logiciel RasTop 2.0.3-VF présente une nouvelle fonctionnalité sous la forme d'une fenêtre d'écho. C'est la possibilité, après avoir fait travailler nos élèves à la découverte d'une molécule et de ses propriétés, de leur présenter une correction argumentée et documentée de leur travail en utilisant des scripts automatiques.

1) Les scripts :

2) Installation :

  • Télécharger le logiciel RasTop 2.0.3-VF sur le site Internet de l'INRP et l'installer.
  • Installer un des scripts ci-dessus en cliquant sur le lien correspondant et suivre les indications.

3) Modifications :

  • Les scripts peuvent être facilement modifiés pour être adaptés à une utilisation pédagogique personnelle puisqu'ils sont écrits en mode texte. Pour cela, ouvrir le script dans un simple éditeur de texte tel que le Boc-notes ou WorPad par exemple et saisir ou modifier les lignes de commandes.
  • Les scripts peuvent aussi servir d'exemple permettant à ceux qui maîtrisent ce type de programmation de créer leurs propres scripts automatiques.

Organisation des protéines

    L'étude de l'organisation des protéines est scindée en plusieurs scripts automatiques, chacun présentant un objectif pédagogique particulier.

1) Les différents scripts :

  • Vue générale : présente une vue générale de quelques protéines telles qu'une  IgG, la carboxylase, l'insuline humaine. Le fichier de lancement du script est le fichier Vuegene.rsm.
  • Organisation générale : présente l'organisation générale des protéines. Le fichier de lancement du script est le fichier Organis.rsm.
  • Quelques acides aminés : présente quelques uns des acides aminés des protéines : la glycine, l'alanine, l'isoleucine, l'arginine, la cystéine, ... Le fichier de lancement du script est le fichier Acidamin.rsm.
  • Les peptides : présente l'enchaînement des acides aminés en peptides et l'établissement des liaisons peptidiques. Le fichier de lancement du script est le fichier Peptides.rsm.
  • Structure secondaire : présente la structure secondaire des protéines : hélice, feuillet, liaisons H et ponts disulfures. Le fichier de lancement du script est le fichier Struct2.rsm.
  • Structure tertiaire : présente la structure tertiaire des protéines responsable de leur conformation spatiale. Le fichier de lancement du script est le fichier Struct3.rsm.
  • Structure quaternaire : présente la structure quaternaire des protéines due à l'assemblage complexe de plusieurs peptides. Le fichier de lancement du script est le fichier Struct4.rsm.
  • Quelques structures remarquables : présente quelques protéines dont la structure est particulière : la porine, le collagène, l'insuline. Le fichier de lancement du script est le fichier Structur.rsm.

2) Téléchargement :

Télécharger le dossier Protéines sur le site SVT de l'académie de Nantes et le décompresser. Ce dossier contient la totalité des fichiers pour les scripts automatiques de l'organisation des protéines.

3) Mode d'emploi :

  • Lancer le logiciel RasTop 2.0.3-VF.
  • Si la fenêtre d'écho n'est pas ouverte dans la fenêtre principale du logiciel, cliquer sur l'icône de la barre d'outils ou cocher l'option Écho du menu Fenêtres pour la charger.
  • Redimensionner éventuellement la fenêtre d'affichage en déplaçant ses bordures pour les adapter à la largeur de l'écran.
  • Ouvrir le script automatique en cliquant sur l'icône de la barre d'outils ou en cliquant sur le menu Fichier/Ouvrir... et choisir le fichier .rsm dans le dossier d'installation du script automatique (pour l'étude de l'organisation générale des protéines par exemple , ouvrir le fichier Organis.rsm).
  • Pour changer de séquence dans le script, appuyer une seule fois sur la touche <Espace> du clavier quand le voyant situé en haut a droite du panneau de commandes est de couleur orange.
  • Pour abandonner l'exécution du script, appuyer sur la touche <Échap> du clavier.

Les protéines enzymatiques

    L'étude des protéines enzymatique est scindée en deux scripts automatiques, chacun des scripts présentant le même objectif pédagogique.

1) Les scripts :

  • La carboxypeptidase : présente la carboxypeptidase, protéine hydrolysant les peptides : organisation générale de la molécule, relation enzyme-substrat, site actif et site catalytique. Le fichier de lancement du script est le fichier Carboxy.rsm.
  • Le lysozyme : présente le lysozyme du blanc d'œuf de poule, protéine hydrolysant les peptidoglycanes des parois bactériennes : organisation générale de la molécule, relation enzyme-substrat, site actif. Le fichier de lancement du script est le fichier Lysozyme.rsm.

2) Téléchargement :

  • Télécharger le dossier Carboxy sur le site SVT de l'académie de Nantes et le décompresser. Ce dossier contient la totalité des fichiers pour le script automatique de la carboxypeptidase.
  • Télécharger le dossier Lysozyme sur le site SVT de l'académie de Nantes et le décompresser. Ce dossier contient la totalité des fichiers pour le script automatique du lysozyme.

3) Mode d'emploi :

  • Lancer le logiciel RasTop 2.0.3-VF.
  • Si la fenêtre d'écho n'est pas ouverte dans la fenêtre principale du logiciel, cliquer sur l' icône de la barre d'outils ou cocher l'option Écho du menu Fenêtres pour la charger.
  • Redimensionner éventuellement la fenêtre d'affichage en déplaçant ses bordures pour les adapter à la largeur de l'écran.
  • Ouvrir le script automatique en cliquant sur l' icône de la barre d'outils ou en cliquant sur le menu Fichier/Ouvrir... et choisir le fichier .rsm dans le dossier d'installation du script automatique (pour l'étude de la carboxypeptidase par exemple , ouvrir le fichier Carboxy.rsm).
  • Pour changer de séquence dans le script, appuyer une seule fois sur la touche <Espace> du clavier quand le voyant situé en haut a droite du panneau de commandes est de couleur orange.
  • Pour abandonner l'exécution du script, appuyer sur la touche <Échap> du clavier.

 



 
auteur(s) :

Christian Duqué, professeur de SVT au lycée de Lattre de Tassigny à La Roche-sur-Yon

information(s) pédagogique(s)

niveau : 1ère L, 1ère S, 1ère ES

type pédagogique : scénario, séquence, travaux pratiques, tutoriel

public visé : enseignant

contexte d'usage : atelier, classe, espace documentaire, laboratoire, salle multimedia

référence aux programmes :

Du génotype au phénotype, relations avec l'environnement

Expression, stabilité et variation du patrimoine génétique

fichier joint

information(s) technique(s) : Fichier zip à décompresser, contient les données mais pas le logiciel rastop.

taille : 579 ko ;

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